南京医科大学是第一批国家教育部、國家卫生健康委与省委共创医科大学和江苏省高水平大学基本建设高等院校。
南京医科大学建立于1934年，时名江苏立医政学校。1957年，由扬州迁往南京市，改名为南京医学院。1962年，被列入全国性第一批六年制药业学校。1981年，被准许为全国性第一批博士研究生、研究生学位授于企业。1993年，改名为南京医科大。
南京医科大学设立19个学校（包括康达学院）。有着27所附院和50多家教学医院。南京医科大学校本部目前在职人员教职员工1800多的人，在其中院校定编双师型教师952人。有专家教授302人、副教授职称255人，有博导720人、硕导2317人。
南京医科大学目前中科院院士工程院院士2名，英国國家医科院外籍院士1名，“长江学者奖赏方案”特聘教授3名、青年人专家学者2名，國家百千万优秀人才工程项目7人，國家优秀青年科学基金获奖者10人，杰出青年股票基金获奖者16人，国家级别课堂教学优秀教师一人，全国性优秀老师一人，全国性榜样老师一人，江苏省特聘教授32人，“国家级别课堂教学精英团队”三个，国家教育部“自主创新精英团队”一个。
南京医科大学目前一级学科博士研究生授权点八个（分子生物学、临床医学、临床医学专业、口腔学、公共卫生服务与预防医学、药理学、医学技术、护理专业）、二级学科博士研究生授权点54个、三个边缘学科博士研究生授权点（临床医学专业工程项目、人文医学、身心健康现行政策管理方法）；一级学科研究生学位授权点11个、二级学科研究生学位授权点65个；博士研究生科学研究流动站七个，学士学位授权点已遮盖医药学、理学类、工学、企业管理学、法律学、社会心理学和文学类等七个学科类别；有着三个國家重点发展学科、一个國家重中之重培养课程、29个國家临床医学重中之重大专、六个江苏高校优势学科（三期）、两个江苏一级学科重点发展学科、三个江苏一级学科重中之重培养课程。
在全国性第四轮学科评定中，南京医科大学公共卫生服务与预防医学在全国性54所参评高等院校中评为A+级别。
临床医学专业、生物学与细胞生物学、分子生物学与细胞生物学、认知科学与行为心理学、药学和毒理、医学免疫学、人文科学总论、有机化学等八个课程进到ESI世界排名前1%，在其中，临床医学专业课程进到ESI世界排名前1‰。
南京医科大学设立二十六个大学专业，一个九年本硕博一贯制专业方向、三个“5+3”本硕一体化专业方向。现阶段，学员数量为1.9万余人，已产生从本科毕业、硕士研究生到博士研究生，从全日制教育到成人继续教育、留学人员文化教育多方位、多层面的教育体系。
南京医科大学目前一个國家重点实验室、一个国家级别国际性协同研究所、28个部省级重点实验室（工程项目管理中心、中国智库）、两个省部级科技成果转化管理中心。
有着中国一流的医药学仿真模拟教育学校（MSC）和自觉学习管理中心及其中国著名、本省一流的江苏药业临床实验产业基地，建了江苏唯一的省部级环境卫生现行政策中国智库健康江苏研究所及其本省唯一的再生医学科学研究组织 江苏再生医学研究所。
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